Além de Lago Urema e de uma grande rede de rios sazonais e perenes, o ecossistema da Gorongosa é rico em corpos de água mais pequenos, na sua maioria sazonais. Duas grandes áreas pantanosas são importantes santuários de vida aquática, o Pântano Mucodza, na zona Interior e o pântano Dingedinge, na confluência dos rios Urema e Pungué. Após a inundação sazonal do Vale, quando as águas do lago e do rio Pungué recuam, deixam para trás inúmeras lagoas e poças que fornecem água aos animais para os meses que se seguem.